Berdasarkan fungsinya di ekosistem, plankton dikelompokkan menjadi fitoplankton (disebut juga dengan mikroalga) dan zooplankton. Keduanya adalah organisme air yang berukuran sangat kecil dan mudah terbawa arus/gelombang. Baik fitoplankton maupun zooplankton adalah pakan alami sekaligus sebagai gambaran kualitas air tambak. Fitoplankton berperan sebagai produsen utama dan memproduksi oksigen terlarut (DO). Zooplankton dapat menjadi pakan alami bagi udang terutama pada fase awal kehidupan udang (larva hingga post larva/benur).
Kualitas air tambak udang sangat penting karena akan berpengaruh pada nafsu makan udang, proses molting, dan imunitas/kekebalan dari penyakit. Plankton merespon pada keadaan kelebihan nutrien, terjadinya pengasaman, adanya pencemaran, dan adanya predator. Penjagaan kualitas air tambak umumnya baru mengandalkan pemantauan parameter fisika-kimia seperti suhu air, pH air, kadar DO, dan salinitas. Padahal dapat juga dipantau dengan menganalisis keberadaan plankton di tambak. Plankton menggambarkan kualitas air tambak dengan cara mengidentifikasi banyaknya jenis dan densitas tiap jenis yang ditemukan.
Kualitas air dapat dipantau dengan mengontrol keberadaan fitoplankton yang ada. Misalnya dengan mengidentifikasi jenis-jenis fitoplankton yang sensitif dengan keadaan eutrofikasi, contohnya Skeletonema sp., Chaetoceros sp., Chroococcus sp., Coscinodiscus sp., dan Amphipora sp. Ketika jenis-jenis tersebut tidak muncul atau muncul dengan jumlah individu tiap jenis yang kecil maka berarti air tambak kemungkinan mengalami eutrofikasi. Eutrofikasi sendiri adalah kondisi air yang mengalami pengayaan nutrien berupa nitrogen dan fosfor. Jika eutrofikasi terjadi maka dapat dilanjutkan dengan peristiwa blooming algae atau ledakan alga.
Tambak udang sistem intensif berpotensi mengalami kualitas air yang menurun seiring berjalannya waktu budidaya, maka harus memperhatikan input ke tambak. Limbah air buangan dari tambak juga dapat dikatakan memiliki kualitas yang rendah. Pengelola tambak yang bijak akan memperhatikan limbah air dari tambak yang akan dibuang ke alam agar tidak menimbulkan pencemaran lingkungan.